状态不甚了了的情行下多逛github似乎更容易转角遇到"神器"--Miniconda
via http://conda.pydata.org/miniconda.html
按照manual安装很轻松
安装完成后, 再看这个神器: bioconda
via https://bioconda.github.io/index.html
几条简单的命令, 照做, 于是, 发现曾经被坑爹的各种源码编译包折腾半死的软件都可以像这样一键安装搞定:
conda install abyss
是的没错, 就这么一句, 依赖, 编译全搞定, 以下为输出
Using Anaconda Cloud api site https://api.anaconda.org
Fetching package metadata ...........
Solving package specifications: ..........
Package plan for installation in environment /prodata/miniconda2/envs/qiime:
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
abyss-1.9.0 | boost1.60_1 21.3 MB bioconda
The following NEW packages will be INSTALLED:
abyss: 1.9.0-boost1.60_1 bioconda
Proceed ([y]/n)? y
Fetching packages ...
abyss-1.9.0-bo 100% |########################################| Time: 0:01:19 281.70 kB/s
Extracting packages ...
[ COMPLETE ]|###########################################################| 100%
Linking packages ...
[ COMPLETE ]|###########################################################| 100
如果创建myenv环境时指定的是none-root路径, 基本上就完全独立于host系统, 而且无需root权限(这个特性简直天然为cluster而生), 配置好env以后完全开箱即用, 缺啥conda install xxx, 自动解决依赖, 热泪盈眶......
于是曾经被认为超级难装的Qiime, SURPI等只需要对着依赖表敲conda install xxx即可
呃, 脱坑的感觉真好!
source activate qiime
conda大法好!
注意
因为墙的存在, 访问 Anaconda 下载 packages 速度很慢, 所幸有清华大学做了镜像
使用方法很简单, 两句话
conda config --add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'
conda config --set show_channel_urls yes
如果是 Windows 系统, 需要把第一行的 url 两边单引号去掉
Anaconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/下载